CONAF está sometida a fiscalización de la Contraloría y por administrar recursos públicos los protocolos de acuerdo que haya celebrado con las organizaciones sindicales al implicar disposición patrimonial no son exigibles.
Esta situación se origina medularmente en base a la verdadera indeterminación jurídica en que, desde sus orígenes, se encuentra la referida CONAF.