El referido Consejo acogió parcialmente el amparo, pero el Rector de la institución de Educación Superior no conforme con la decisión interpuso reclamó de ilegalidad ante la Corte de Apelaciones de Santiago, argumentando que no les es aplicable la Ley Nº 20.285, sobre acceso a la información pública, por el carácter de institución con personalidad jurídica de derecho público autónoma correspondiendo someterse en esa materia a las disposiciones de sus respectivas leyes orgánicas, materia que explica, está siendo actualmente conocida actualmente por el Tribunal Constitucional, por lo que el Consejo excede gravemente sus funciones y atribuciones al disponer la aplicación de la precitada ley; al decidir sobre cuestiones que no son materia del amparo, haciendo uso de este como una herramienta de fiscalización, confundiendo sus facultades jurisdiccionales con las administrativas; y no ser el procedimiento idóneo para ello ordenando inclusive, la ejecución de más acciones que las requeridas por la reclamante, lo que configura “ultra petita”.
El tribunal de alzada capitalino acogió parcialmente el reclamo, para lo cual razonó que “un análisis somero de las disposiciones constitucionales y legales que rigen la materia y como se verá, tanto los Tribunales Superiores de Justicia, como el Tribunal Constitucional y la doctrina administrativa de la Contraloría General de la República, como la opinión de esta Corte, coinciden en que a la ya mencionada Universidad, le resulta plenamente aplicable la Ley de Transparencia”, por lo que la decisión de CPLT en dicha parte es legal.
Respecto a alegación de la confusión de facultades, expresó que “en su artículo 33 letra a) se entrega al Consejo facultades administrativas propiamente tal, que le permite fiscalizar el cumplimiento de la ley”, de oficio o a petición de parte, “pudiendo aplicar sanciones en el caso de detectar infracciones». Asimismo, “en la letra b) le entrega funciones esencialmente jurisdiccionales, que consiste en resolver fundadamente, los reclamos por denegación de acceso a la información que le sean formulados de conformidad a la ley”. En tanto, la sentencia que acoja el amparo debe resolver el asunto controvertido, por ende solo “se puede decretar el acceso a la información requerida fijándose un plazo para ello, salvo, que el Consejo determine la necesidad de iniciar un procedimiento disciplinario para establecer si se ha incurrido en alguna de las infracciones del Título VI”, siendo inadmisible cualquier otra declaración. A mayor abundamiento sostiene que las potestades fiscalizadoras “sólo pueden ser ejercidas en un ámbito diverso al procedimiento de reclamo”, esto es, en un procedimiento disciplinario, por lo que en este ámbito el actuar del consejo es ilegal.
Finalmente, en cuanto a la alegación de ultra petita, es desestimado, en el entendido que la Corte estima que no existe ilegalidad, donde “la reclamante de ilegalidad pretende distinguir como cuestiones absolutamente distintas la petición de la requirente de información y de lo decidido por el Consejo, puesto que la primera solicitó el nombre de los cargos y, el segundo ordenó la entrega de la nómina de los funcionarios”, siendo estos conceptos símiles.
El fallo declaró que se acoge el reclamo “sólo en cuanto se dejan sin efecto, por ilegales las decisiones contenidas en los números III, IV y V, por exceder de las facultades  jurisdiccionales del Consejo” para este caso en concreto. Por otro lado, que se rechaza, en lo demás, “toda vez que a la Universidad de Chile le son aplicables las normas de la Ley 20.285 y las decisiones I y II están dictadas conforme a la ley”.

Vea texto íntegro de la decisión del CPLT.