La Cámara de Diputados remitió al TC el proyecto de ley, aprobado por el Congreso Nacional, que modifica el Sistema de Justicia Militar y establece un régimen más estricto de sanciones tratándose de delitos contra los miembros de las policías, con el objeto de que ejerza el control preventivo y obligatorio de constitucionalidad respecto de las normas que regulan materias propias de ley orgánica constitucional.
El Tribunal tuvo presente, durante su examen, las observaciones formuladas por el Instituto Nacional de Derechos Humanos en relación con aspectos generales de la legislación militar vigente en el país y en el Derecho Comparado, como también los reparos de constitucionalidad que esa entidad observa en algunas disposiciones de la iniciativa legal.
Luego de transcribir los artículos 77 y 105 de la Constitución, junto a las disposiciones del proyecto de ley sujeto a control, el TC resolvió no emitir pronunciamiento sobre los incisos tercero y cuarto del artículo 5º transitorio, como de una frase contenida en el inciso segundo del artículo 6º transitorio por no regular materias que el constituyente ha reservado a ley orgánica constitucional.
Respecto de los artículos 1º, 2º, 3º, 4º, numerales 3) y 4), 5º, 6º, 7º, 8º y 9º permanentes y 1º, 5º, incisos primero y segundo, 6º, a excepción de la frase del inciso segundo antes referida, y 7º transitorios del proyecto de ley, en cuanto confieren competencia a los tribunales que mencionan, el TC decidió que sí regulan una materia propia de la ley orgánica constitucional relativa al Poder Judicial, y que los numerales 1) y 2) del artículo 4º permanente inciden, además, en una materia propia de ley orgánica constitucional relativa a las Fuerzas Armadas.
Las normas objeto de control las estimó ajustadas a la Constitución, al verificar que fueron aprobadas en ambas Cámaras del Congreso Nacional con las mayorías requeridas por la Carta Fundamental, que respecto de ellas no se suscitó cuestión de constitucionalidad y que se cumplió con el trámite de oír a la Corte Suprema.
Con todo, en aplicación del principio de interpretación conforme con la Constitución, el Tribunal declaró que el artículo 1º no vulnera la Carta Fundamental en el entendido de que en ningún caso los civiles y los menores de edad, cuando tengan la calidad de imputados, quedarán sometidos a la justicia militar.
La citada disposición es del siguiente tenor:

“Artículo 1º.- Restricción de la competencia de los tribunales militares. En ningún caso, los civiles y los menores de edad estarán sujetos a la competencia de los tribunales militares. Ésta siempre se radicará en los tribunales ordinarios con competencia en materia penal.
Para estos efectos, se entenderá que civil es una persona que no reviste la calidad de militar, de acuerdo al artículo 6º del Código de Justicia Militar”.

También decidió que el artículo 2º no es contrario a la Constitución, pero exhortó a los Poderes Colegisladores a legislar, a la mayor brevedad, para uniformar los procedimientos aplicables a los juzgamientos que se desarrollen en la Justicia Ordinaria y en la Justicia Militar, respectivamente; en especial, para precaver que se produzcan decisiones contradictorias entre ambos órdenes jurisdiccionales respecto de un mismo hecho punible.

La precitada disposición señala: “Artículo 2º.- Tribunal competente en casos de coautoría y coparticipación. En los casos de coautoría y coparticipación de civiles y militares en la comisión de aquellos delitos sujetos a la justicia militar de acuerdo a las normas del Código de Justicia Militar, serán competentes, respecto de los civiles, la Justicia Ordinaria y, respecto de los militares, los Tribunales Militares”.
Los Ministros Navarro y Carmona estuvieron por no examinar la constitucionalidad de las normas contenidas en los numerales 1) y 2) del artículo 4º permanente, por estimar que ellas no regulan materias propias de ley orgánica constitucional.
Por su parte, el Ministro Fernández Fredes, coincidiendo en el carácter orgánico y constitucional del precepto contenido en el artículo 2º permanente, y en la exhortación que se formula, estimó que éste debe entenderse en el sentido de que la intervención de la Justicia Ordinaria en el juzgamiento de los delitos a que la norma se refiere, tiene lugar sólo respecto de la calificación y sanción de la participación de los civiles en tales delitos, correspondiéndole apreciar y decidir los elementos subjetivos de la responsabilidad de aquéllos en éstos y las correspondientes circunstancias subjetivas de modificación de la misma, por lo que verificada la comisión del hecho punible por los Tribunales Militares en el pertinente auto de procesamiento, éstos deberán traspasar al competente Tribunal Ordinario los antecedentes inculpatorios que la investigación arroje respecto de la participación de civiles.
El fallo fue acordado con el voto en contra de los Ministros Bertelsen, Vodanovic y Viera-Gallo, quienes estuvieron por declarar inconstitucional el artículo 2º permanente.
Razonan que nuestro ordenamiento jurídico desconoce la posibilidad de que un mismo hecho punible pueda ser juzgado por dos o más tribunales diferentes de forma simultánea. Ni siquiera cuando las personas que intervienen en tales hechos deban someterse a un tratamiento jurídico diferente. Citan el artículo 8° del COT que establece que “ningún tribunal puede avocarse el conocimiento de causas o negocios pendientes ante otro tribunal, a menos que la ley le confiera expresamente esta facultad”. Además, la competencia consiste precisamente en la facultad que tiene cada juez o tribunal para conocer de los negocios que la ley ha colocado dentro de la esfera de sus atribuciones (art. 108, COT) y cuando hay dos o más tribunales competentes para conocer de un mismo asunto, el que haya prevenido en el conocimiento excluye a los demás, los cuales cesan de ser competentes (art. 112). Una norma similar establece el artículo 159 del COT para la investigación llevada adelante por el Ministerio Público cuando pudieren intervenir diferentes juzgados de garantía. Lo mismo vale para la distribución de las causas cuando hay más de un juez competente en una comuna o en una agrupación de comunas y para la ejecución de las sentencias penales. Observan luego que aun en el caso en que existan diferencias sustantivas en relación a la calidad de los sujetos involucrados, como ocurre en el caso de los delitos cometidos en coautoría por adultos y menores de edad, la solución ha sido que los delitos sean juzgados por un solo tribunal, ordenándose que se tengan en consideración las reglas propias para juzgar al menor (art. 28, Ley Nº 20.084).
Concluyen que la norma en examen vulnera el principio de igualdad, pues somete el conocimiento de un mismo hecho a tribunales distintos, como ha de ocurrir cuando un militar y un civil cometan un mismo delito en calidad de coautores y constatándose unidad de acción entre ellos. La norma da lugar a problemas de igualdad y eventuales resultados contradictorios, como lo señaló la Corte Suprema durante la tramitación legislativa, pues los mismos hechos podrán ser simultáneamente conocidos por un tribunal militar y por los tribunales ordinarios, dependiendo únicamente de la calidad profesional de los imputados, pudiendo concluir con sentencias contradictorias entre sí.
También, sostienen, infringe el debido proceso y el mandato de establecer un procedimiento racional y justo, ya que la Constitución mandata al legislador a que señale “el tribunal” competente, no “los tribunales”, lo que supone que en definitiva no haya más que un solo tribunal con competencia para conocer y fallar un asunto. Tanto más si la Constitución garantiza a todas las personas la igual protección de la ley en el ejercicio de sus derechos, por lo que la norma consagra un procedimiento conforme al cual podría darse como resultado que, pese a existir unidad de acción, en un tribunal se determine la absolución y en otro la condena de los imputados, calificando de diverso modo los hechos materia de procesos seguidos en forma paralela, lo cual atenta contra los principios y preceptos constitucionales señalados, entre otras consideraciones que exponen en su disidencia.