Son tribunales con competencia penal compuestos por un solo juez. El Juez de Garantía se encarga, durante la etapa de investigación, de la protección de los derechos fundamentales del imputado, de la víctima y de los testigos. Asimismo, falla en casos que no requieren llegar a un Tribunal Oral en lo Penal, por ejemplo, en el procedimiento abreviado. Cada juez ejerce unipersonalmente la potestad jurisdiccional respecto de los asuntos que las leyes encomiendan a estos juzgados.
El territorio jurisdiccional de cada uno de los Juzgados de Garantía es una comuna o agrupación de comunas. Cuentan, además, con un administrador de tribunal y una planta de empleados, que se organizan en unidades administrativas para el cumplimiento eficaz y eficiente de sus funciones. En las comunas o agrupaciones de comunas que no son territorio jurisdiccional de estos juzgados, el conocimiento de las materias de su competencia corresponde a los Juzgados de Letras.