Se solicitó declarar inaplicable, por inconstitucional, el artículo 163, letra e), inciso primero, del Código Tributario, en una causa sobre delitos tributarios pendiente ante la Corte de Apelaciones de Valdivia que, en su texto anterior a la reforma procesal penal, dispone: “Los informes contables emitidos por los funcionarios del Servicio de Impuestos Internos que realizaron la investigación administrativa del delito tributario, tendrán, para todos los efectos legales, el valor de informe de peritos”.
La impugnación fue acogida por los Ministros Vodanovic, Navarro, Aróstica, y los suplentes de Ministro Suárez e Israel.
Luego de precisar que la norma cuestionada tiene aplicación solo en el sistema penal inquisitivo regulado por el antiguo Código de Procedimiento Penal, el TC señala que se deben examinar en esta causa los efectos contrarios al principio del debido proceso del valor probatorio atribuido a los aludidos informes contables emitidos por funcionarios del SII que realizaron la investigación administrativa de un cierto delito tributario, actuación que es verificada sin audiencia, participación ni conocimiento del investigado.
En tal sentido observa que el principio del contradictorio es una de las bases esenciales del proceso debido, y que de éste se infiere el derecho de las partes a intervenir, en condiciones de igualdad, sobre las materias que son objeto de decisión y, también, en la exigencia de que la prueba sea examinada y discutida por los antagonistas.
A continuación señala que el informe contable aludido se emite en el marco de una investigación administrativa de un delito tributario, sin conocimiento ni audiencia del futuro inculpado, lo que transgrede el derecho a ser informado de una imputación penal, a disponer del tiempo razonable para construir la defensa y los medios de prueba adecuados y a confrontar las pruebas; todo lo cual priva de racionalidad y justicia a la investigación administrativa y se comunica al procedimiento judicial que le sigue y la incorpora como medio de prueba.
También razona que el documento producto de la investigación al que se atribuye la condición de peritaje peca de similar insuficiencia, en cuanto deriva de un funcionario dependiente del único órgano facultado para ejercer la acción penal, que carece, por ende, de imparcialidad.
Concluye que el precepto legal que autoriza la emisión del dubitado informe contable, en su aplicación al caso sub lite provoca efectos contrarios a la garantía del debido proceso.
Respecto de la vulneración –igualmente denunciada- del llamado principio o presunción de inocencia, como efecto acumulado de la presentación de la querella por quien tiene el monopolio de la acción penal conjuntamente con un informe técnico de un funcionario de su dependencia, circunstancias cuya conjunción deja indefenso al inculpado, obligándolo a probar su inocencia, la sentencia observa que la Constitución no lo consagra explícitamente, pero que parte de la doctrina lo deduce indirectamente de la prohibición de presumir de derecho la responsabilidad penal, en armonía con el derecho a la libertad individual y la seguridad de que los preceptos que regulen o limiten las garantías constitucionales no pueden afectar la esencia de las mismas, aunque sí se halla reconocido formalmente en tratados internacionales sobre Derechos Humanos ratificados por Chile y que se encuentran vigentes.
Con todo, atendida la conclusión a que arriba sobre transgresión de las bases del debido proceso, estima que no resulta indispensable pronunciarse separadamente sobre la contrariedad de la presunción de inocencia, por la estrecha vinculación de ambos aspectos,  y tiene en cuenta que en el proceso criminal de la especie, cuya fase de instrucción es marcadamente inquisitiva, la emisión del informe contable, si bien no se ajusta en plenitud al respeto de dicho principio, en el progreso del plenario puede teóricamente ser desvirtuado antes de la sentencia definitiva.
La decisión fue acordada con el voto en contra de la Ministro Peña y de los Ministros Bertelsen y Fernández Fredes, quienes estuvieron por rechazar la acción de inaplicabilidad.
Razonan, entre otras consideraciones, que tratándose de una causa criminal, el valor que debe darse a dichos informes contables, catalogados por el legislador como informes de peritos, se encuentra explicado en el artículo 473 del CPP, y que como ha expresado la Corte Suprema, el valor que se le pueda dar a dichos informes es facultad privativa de los jueces del fondo. De allí que aunque sean estimados como informes de peritos en el marco de un proceso criminal, no asumen el valor de plena prueba en términos que el juez de la causa quede impedido de desvirtuarlos con otros elementos probatorios allegados al proceso, tanto más si el propio inciso segundo del precepto legal impugnado otorga a las partes la posibilidad de designar, a su costa, peritos adjuntos contables o de otra índole, por lo que una eventual situación de indefensión del contribuyente se desvanece ante las amplias facultades que el juez dispone para apreciar toda la prueba producida en el proceso y, también, por la posibilidad que la misma ley le confiere de desvirtuar el contenido de los mismos, de suerte que no se produce, por lo tanto, una infracción al principio de igualdad entre las partes en el proceso de que se trata.