El Alcalde de la Municipalidad de Santiago dedujo acción de protección en contra del Contralor General de la República, por cuanto habría emitido un dictamen que dispone que se deberán restituir los valores correspondientes a aquellas sociedades de inversión que se enmarquen en el nuevo dictamen del Contralor General, esto es, desde 1 de julio de 2010, y que se dejarán de percibir sumas similares a las ya percibidas por patentes correspondientes a sociedades de inversión. El recurrente señaló que el obrar ilegal y arbitrario de la recurrida lo afecta en sus derechos fundamentales a un tribunal independiente e imparcial predeterminado por la ley y en su derecho de propiedad.
En su informe, la recurrida alegó, en primer término, la extemporaneidad del recurso, ya que éste se habría dirigido simplemente en contra de una resolución que se pronunció acerca de una reconsideración, y no en contra del acto que motivó el recurso administrativo deducido. En segundo lugar, reclamó la falta de legitimación activa de la recurrente, ya que se trataría de un órgano que se encuentra sujeto a la jurisprudencia administrativa de la Contraloría. En cuanto al fondo, informó que ha obrado dentro de sus atribuciones legales y no se habría producido infracción a garantía constitucional alguna.
La Corte de Apelaciones de Santiago acogió el recurso, constatando, en primer término, que la acción de protección se interpone respecto del acto administrativo terminal, por lo que en la especie al haberse deducido reposición respecto del pronunciamiento original la Municipalidad recurrente habría actuado dentro de plazo. En cuanto al fondo, el fallo del tribunal de alzada concluyó la recurrido habría obrado fuera del ámbito de sus competencias, ya que “la facultad para la interpretación administrativa de la ley en el ámbito tributario está entregada exclusivamente al Director del Servicio de Impuestos Internos”, sin que la Contraloría General de la República tenga competencias en cuanto a realizar interpretaciones sobre materias tributarias, “menos aún para declarar que determinadas actividades se encuentran exentas del Tributo, previsto en el artículo 23 del señalado cuerpo legal que grava las patentes comerciales”. A partir de las motivaciones anteriores, la sentencia determinó que se ha infringido la garantía constitucional del derecho de propiedad de la recurrida.