Entre los desafíos pendientes identificados por la Comisión se destacan medidas efectivas para garantizar el derecho a la autodeterminación de los pueblos indígenas, incluyendo la jurisdicción indígena originario campesina, así como los derechos del pueblo afroboliviano. Además, se notan los retos para la garantía del derecho de las mujeres a una vida libre de violencia, así como el ejercicio pleno de los derechos de las personas lesbianas, gay, bisexuales, trans, no binarias y de género diverso e intersex.