En fallo unánime, la Corte Suprema rechazó un recurso de protección interpuesto por funcionarios de la Municipalidad de Empedrado en contra de la decisión de la Contraloría General de la República, que les ordenó devolver dineros que recibieron por horas de trabajo extraordinarias entre abril de 2014 y junio de 2015.
El máximo Tribunal consideró que la Contraloría General de la República  actuó en el ámbito de sus atribuciones, al fiscalizar los fondos girados en favor de los funcionarios municipales por horas extraordinarias que no se ejecutaron y al ordenar su reintegro a las arcas municipales.
La sentencia de la Corte Suprema sostiene que la Contraloría General de la República se encuentra plenamente facultada para auscultar las cuentas, asientos, registros y demás antecedentes contables y financieros de las Municipalidades, con el fin de verificar el debido y correcto empleo de los recursos de esos entes, pudiendo, en cumplimiento de tal deber, "dar instrucciones relativas al Servicio" a cualquier "Jefe de Oficina", "funcionario o persona que tenga relaciones oficiales con la Contraloría", así como "impartir instrucciones relativas a la fiscalización que legalmente le corresponda" a "cualquiera autoridad o funcionario", como se lee en el artículo 9 de la Ley N° 10.336.
En consecuencia, señala la resolución del máximo Tribunal, y para los efectos de resolver el recurso en examen, es dable concluir que la fiscalización llevada a cabo en autos no puede ser tildada de ilegal, puesto que el ente contralor se ha limitado a dar estricto y cabal cumplimiento a las atribuciones y deberes que tanto la Constitución como el legislador le han impuesto, a la vez que tampoco existe antecedente alguno que permita calificar su proceder de irracional, caprichoso o antojadizo, es decir, de arbitrario, toda vez que en su proceder ha primado el interés público y el mejor uso y aprovechamiento de los recursos financieros puestos a disposición del municipio pesquisado.
Agrega el fallo de la Corte Suprema que en lo que concierne a la medida dispuesta de restitución de las sumas pagadas por concepto de horas extraordinarias, forzoso es concluir, para los efectos de resolver el recurso de protección en análisis y a partir de las normas transcritas, que la Contraloría General de la República se encuentra plenamente facultada para disponer el reintegro de que se trata, sin que disposición alguna exija la previa tramitación de un procedimiento disciplinario o de un juicio de cuentas, como se ha sostenido por la defensa de los recurrentes.
Enseguida añade que a mayor abundamiento, es posible advertir que, concordante con lo antes razonado, el artículo 64 del Reglamento de Auditorías de la Contraloría General de la República, de 3 de marzo de 2015, dictado al tenor de lo previsto en el inciso 3° del artículo 21 A de su ley orgánica, faculta expresamente a dicho ente para ordenar la devolución en comento. Si de los resultados de la auditoría se generan observaciones vinculadas con la custodia, administración, recaudación, recepción, inversión o pago de los fondos públicos examinados, se podrá disponer u ordenar que se dispongan las restituciones de recursos que correspondan. Para tales efectos, el Informe Final u Oficio de Auditoría fijará el plazo en que deberá acreditarse el respectivo reintegro. 

Vea texto íntegro de la sentencia.

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