El TC en varias oportunidades ha conocido acciones de inaplicabilidad por inconstitucionalidad que impugnan el artículo 416 del Código Procesal Penal, específicamente de su inciso tercero, que al regular el procedimiento de desafuero dispone: “Si se tratare de un delito de acción privada, el querellante deberá ocurrir ante la Corte de Apelaciones solicitando igual declaración, antes de que se admitiere a tramitación su querella por el juez de garantía”.
Se ha estimado que el citado precepto legal -al autorizar a la Corte de Apelaciones respectiva para declarar que ha lugar a la formación de causa antes de que se admita a trámite la querella- vulneraría diversas garantías constitucionales, pues con el sólo mérito de la querella el Tribunal de Alzada tendría que pronunciarse sobre la petición desafuero sin que exista para el sujeto aforado la oportunidad de presentar las pruebas y de contradecir las imputaciones contenidas en la querella.
De ese modo quienes gozan del fuero no tendrían la posibilidad de que se investigue –previamente- el hecho que sirve de fundamento a la acción penal y la Corte de Apelaciones conocería de tal petición en forma precaria e incompleta, con menoscabo del privilegio que otorga el fuero. Con ello se desconocería que el procedimiento de desafuero es una especie de antejuicio que busca proteger al parlamentario de una acción temeraria que le impida ejercer sus funciones.
El Profesor Mario Verdugo, en un informe en derecho que fue acompañado en un requerimiento interpuesto por el senador Guido Girardi, concluyó que la norma objetada “desnaturaliza la garantía del fuero parlamentario, priva al tribunal competente de la fase cognoscitiva del proceso e infringe los principios del debido proceso”.
En los Roles N°s. 478, 529 y 533 –impugnaciones de los senadores Girardi, Longueira y Ávila, respectivamente-, el TC declaró inaplicable el inciso tercero del artículo 416 del Código Procesal Penal, al considerar que en los respectivos procesos de desafuero –todos ellos iniciados por querella mediante las cuales se les imputan delitos de acción privada-, la aplicación del precepto legal cuestionado impide la recepción y producción de la prueba, por lo que en caso de existir hechos sustanciales, pertinentes y controvertidos, no se daría cumplimiento a los requisitos de justicia y racionalidad que el debido proceso exige.
En igual sentido se pronunció en el requerimiento Rol N° 806, caso del diputado Farías.
Luego, en los Roles N°s 596 y 1314 -requerimientos interpuestos por el diputado Paredes y por la Corte de Apelaciones de Talca, respectivamente- la Magistratura Constitucional desestimó la impugnación. En el primero de ellos razonó que se perseguía desnaturalizar el proceso de desafuero y que éste se encontraba concluido por resolución de la Corte Suprema; como también que ambas partes tuvieron acceso a un debido proceso donde fueron legalmente emplazadas, oídas y asistidas por un abogado. Mientras que en el segundo, al observar que el parlamentario que se pretendía desaforar había accedido a un procedimiento legalmente tramitado donde fue debidamente notificado, asistido por un letrado, presentó recursos y opuso sus alegaciones y defensas, el TC concluyó  -por tratarse de un control concreto donde debe ponderar las características singulares del caso en el cual emite su pronunciamiento-, que no podía estimarse infringida la garantía constitucional del debido proceso.
En ejercicio de la acción pública contemplada en el artículo 93 N° 7 de la Constitución el senador Guido Giradi y el abogado Fernando Saenger le solicitaron al TC que declarara inconstitucional el inciso tercero del artículo 416 del Código Procesal Penal, lo que dio origen a los procesos Roles Nºs 558 y 590 mediante los cuales se pretendía expulsar del ordenamiento jurídico la citada disposición.
La Magistratura Constitucional desestimó esas acciones, para lo cual razonó que el precepto legal cuestionado no contiene una regulación precisa para la tramitación del desafuero ante la Corte de Apelaciones respectiva, lo que configura una omisión que provoca un vacío legal. Siendo así, considera, que existe la posibilidad de integrar la laguna legal con otros elementos del ordenamiento jurídico e interpretar la disposición de un modo de que se ajuste a las prescripciones constitucionales, sin perjuicio de señalar, además, que la declaración de inconstitucionalidad es una medida extrema que sólo debe decretarse cuando la norma legal objetada, en todas las hipótesis de su aplicación, no pueda coexistir con el orden fundamental.
En Agosto del año pasado se presentó un proyecto de ley, iniciado por moción de los diputados Andrade, Browne, Carmona, Espinosa, Girardi, Saffirio y Vidal, mediante el cual plantean modificar el Código Procesal Penal (Nº Boletín 7104-07), para establecer que, tratándose de diputados y senadores que gozan de fuero, no se exija que el Fiscal del Ministerio Público remita los antecedentes a la Corte de Apelaciones respectiva cuando decida formalizar la investigación, pues ésta sólo representa una comunicación que realiza el fiscal al imputado de que se desarrolla actualmente una investigación en su contra en relación a uno o más delitos determinados, en presencia del juez de garantía.